Table 2

Expression profiles of 17 housekeeping genes in a panel of cell lines

B95.8
 BJAB
 Namalwa
 Raji
 Akata
 Jijoye
 P3HR1
 All cell lines
High expression
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
RPL37A
 0.36
 0.05
 0.15
 0.33
 0.02
 0.06
 1.31
 0.18
 0.14
 0.27
 0.21
 0.76
 1.69
 0.02
 0.01
 2.05
 0.01
 0.01
 1.35
 0.05
 0.04
 1.10
 0.68
 0.62
KIAA0220
 0.06
 0.01
 0.12
 2.33
 0.60
 0.26
 1.56
 0.07
 0.05
 2.98
 0.79
 0.27
 1.64
 0.03
 0.02
 2.02
 0.01
 0.01
 1.37
 0.02
 0.01
 1.63
 0.87
 0.54
CLU
 1.62
 0.02
 0.01
 0.21
 0.04
 0.21
 0.06
 0.03
 0.41
 n.d.
0.00
 0.13
 0.04
 0.33
 0.20
 0.06
 0.28
 0.20
 0.02
 0.12
 0.26
 0.59
 2.24
MTA2
 0.00
 0.01
 12.49
 0.02
 0.02
 1.13
 n.d.
0.00
 n.d.
0.00
 n.d.
0.00
 n.d.
0.00
 n.d.
0.00


384D8-2.2
 0.27
 0.05
 0.17
 0.32
 0.04
 0.13
 0.35
 0.04
 0.11
 n.d.
0.00
 0.36
 0.06
 0.16
 0.70
 0.21
 0.30
 0.64
 0.04
 0.07
 0.29
 0.43
 1.47
Constant expression
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
FTL
 1.49
 0.08
 0.05
 0.20
 0.01
 0.05
 0.10
 0.05
 0.54
 n.d.
0.00
 0.33
 0.12
 0.36
 0.51
 0.25
 0.49
 0.75
 0.10
 0.13
 0.45
 0.59
 1.31
PSMD2
 0.89
 0.04
 0.04
 2.38
 0.67
 0.28
 1.08
 0.05
 0.04
 0.24
 0.01
 0.06
 1.67
 0.02
 0.01
 1.46
 0.20
 0.14
 1.04
 0.15
 0.14
 1.22
 0.63
 0.52
PSMB3
 1.49
 0.02
 0.01
 2.35
 0.62
 0.27
 1.61
 0.12
 0.08
 0.62
 0.22
 0.36
 1.70
 0.00
 0.00
 2.03
 0.00
 0.00
 1.35
 0.04
 0.03
 1.57
 0.51
 0.33
TCLF1
 0.53
 0.02
 0.03
 0.72
 0.01
 0.02
 1.43
 0.13
 0.09
 0.20
 0.06
 0.30
 0.51
 0.21
 0.42
 1.26
 0.32
 0.25
 1.18
 0.11
 0.09
 0.90
 0.40
 0.52
H3F3A
 1.71
 0.03
 0.02
 2.44
 0.76
 0.31
 1.64
 0.13
 0.08
 7.38
 4.68
 0.63
 1.69
 0.00
 0.00
 2.08
 0.01
 0.01
 1.35
 0.04
 0.03
 2.44
 2.03
 0.83
PTDSS1
 1.40
 0.00
 0.00
 2.45
 0.76
 0.31
 1.51
 0.07
 0.04
 4.87
 1.42
 0.29
 0.95
 0.02
 0.02
 1.92
 0.09
 0.05
 1.35
 0.03
 0.02
 1.98
 1.25
 0.53
KARS
 1.19
 0.03
 0.03
 2.45
 0.77
 0.31
 1.62
 0.12
 0.07
 6.40
 3.35
 0.52
 1.66
 0.02
 0.01
 2.08
 0.01
 0.00
 1.35
 0.05
 0.03
 2.22
 1.75
 0.79
AAMP
 0.57
 0.01
 0.02
 0.62
 0.01
 0.01
 0.59
 0.04
 0.07
 0.13
 0.04
 0.31
 0.55
 0.07
 0.12
 1.00
 0.18
 0.18
 1.29
 0.02
 0.01
 0.71
 0.35
 0.50
Common
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
 Mean
 SD
 CV
βactin.sense(ACTB)
 1.73
 0.04
 0.02
 1.68
 0.28
 0.17
 1.21
 0.07
 0.06
 2.28
 0.23
 0.10
 0.78
 0.13
 0.16
 1.72
 0.24
 0.14
 1.34
 0.01
 0.00
 1.49
 0.46
 0.31
βactin.70 mer(ACTB)
 1.69
 0.02
 0.01
 1.00
 0.24
 0.24
 1.42
 0.04
 0.02
 1.16
 0.05
 0.05
 1.65
 0.01
 0.01
 1.44
 0.01
 0.01
 1.33
 0.05
 0.04
 1.37
 0.23
 0.17
c-yes.70 mer
 1.32
 0.02
 0.02
 2.05
 0.42
 0.20
 1.51
 0.12
 0.08
 0.92
 0.12
 0.13
 1.70
 0.02
 0.01
 2.05
 0.00
 0.00
 1.35
 0.06
 0.04
 1.67
 0.61
 0.37
c-yes.2
 0.45
 0.05
 0.10
 0.11
 0.03
 0.32
 n.d.
0.00
 n.d.
0.00
 0.05
 0.01
 0.28
 0.13
 0.01
 0.11
 0.08
 0.01
 0.11


MHCL.70 mer
 1.73
 0.05
 0.03
 0.48
 0.13
 0.27
 1.57
 0.07
 0.05
 0.80
 0.01
 0.01
 1.69
 0.02
 0.01
 0.04
 0.04
 1.18
 1.27
 0.02
 0.02
 1.10
 0.62
 0.55
HMBS.2
 1.03
 0.02
 0.13
 2.42
 0.72
 0.30
 1.59
 0.10
 0.06
 2.57
 0.39
 0.15
 1.47
 0.03
 0.02
 1.97
 0.05
 0.03
 1.35
 0.05
 0.04
 1.52
 0.33
 0.22

CV: coefficient of variation; n.d.: not detected.; SD: Standard deviation; bold letters indicate gene-sets that were considered to be constantly detectable across cell lines, and were selected to be used as normalization-set in further experiments. Probe sets that showed a CV < 0.6 were selected for the normalization housekeeping gene set.

Bernasconi et al. Virology Journal 2006 3:43   doi:10.1186/1743-422X-3-43